咽痛是咽炎的常见症状之一，但非咽炎所独有，许多其他疾病也会出现咽痛。咽部的疼痛感觉神经纤维来源于舌咽神经、三叉神经、副神经和迷走神经。这些神经的分支末梢在咽部纵横交织，并分布到其他邻近器官，这些部位受任何因素刺激都可通过神经反射而引起咽痛。可引起咽痛的疾病包括以下三类：
咽部疾病引起的咽痛：各种咽部粘膜的感染性炎症刺激和压迫痛觉神经末梢，导致咽痛。常见疾病如急、慢性咽炎，急、慢性扁桃体炎，疱疹性咽炎，舌扁桃体炎，扁桃体周围脓肿，咽旁和咽后脓肿，急性会厌炎，咽结核等。急性炎症咽痛明显，慢性炎症则咽痛较轻，或无咽痛。另外，咽部的非感染性因素，如异物、外伤、肿瘤溃烂、茎突过长、舌咽神经痛、咽肌风湿性病变及粘膜过敏反应等，也会引起咽痛。
邻近器官疾病引起的咽痛：属于反射性咽痛。口腔牙齿、牙龈的炎症，鼻炎、鼻窦炎，喉部炎症、结核，颈部动脉鞘炎，纤维组织炎，淋巴结炎，甲状腺炎，颈椎病，食管炎、食管上段异物等，均可引起不同程度的咽痛。
全身性疾病引起的咽痛：在一些全身性疾病中，咽痛为其局部症状之一，常见病有单核细胞增多症、粒细胞白血病、急性白血病等血液病，流感、流脑、麻疹、猩红热、伤寒等传染病，风湿病，痛风等。有些妇女在月经前3-4天内也可出现咽痛或灼热感，这与雌激素水平过高有关。
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