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多见于小儿，成人中少见。
（一）呼吸系统并发症 支气管肺炎为婴幼儿常见的并发症，常在痉咳期发生。百日咳杆菌所致肺部病变以间质性肺炎为主，但常由继发细菌感染引起。也有痉咳时引起吸入性肺炎。此时体温可升高，痉咳变为不典型，但呼吸困难、发绀、肺部湿另外音比较突出。如支气管被粘液阻塞，可引起肺气肿；完全性阻塞可致肺不张；如肺泡破裂可引起气胸、纵膈气肿或皮下气肿；如支气管粘膜及肺间质破坏，日后可导致支气管扩张。
（二）神经系统并发症 表现为百日咳脑病。系因脑组织缺氧、充血、颅内出血，损伤脑细胞和细菌毒素所致，幼儿多见。有意识障碍、惊厥等。脑脊液多无变化。
（三）结核病恶化 本病可使原有肺结核恶化，甚至引起血行播散，发生粟粒性结核或结核性脑膜炎。
（四）其他 舌系带与下切齿磨擦而致舌系带溃疡，由于剧咳时腹腔压力增高，可致脐疝、腹股沟疝、直肠脱垂等。
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