已知能引起过敏性肺炎的特异性物质数量增加。这些物质大多是大量吸入的微生物或体外的动物或植物蛋白质。然而，单纯的化学物质如吸入量很大时亦可致病。
尽管发病机制尚不完全清楚，但本病为免疫介导的疾病。常能找到致病抗原的沉淀抗体，提示为第ⅲ型变态反应(尽管血管炎不常发生)。本病的肉芽肿性原发性组织反应，以及该反应见于本病的动物模型，提示有ⅳ型过敏反应参与。
只有少数接触的人产生症状，且只在接触相当长时间足以引起过敏反应后才产生。持续或反复低度与抗原接触，可产生慢性进行性肺实质疾病，变应性疾病病史(如哮喘，枯草热)不多见，也不是易感因素。
弥漫性肉芽肿性间质性肺炎为其特点，但非特异性。沿气道和增厚的肺泡隔中有淋巴细胞和浆细胞浸润。肉芽肿为非坏死性，散在分布于肺实质内，不累及血管壁，纤维化的程度常轻微，但与疾病分期有关。支气管炎见于50%有农民肺的病人中。
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