如果通过调整生活方式，阻塞性睡眠呼吸暂停综合征仍无缓解，就要接受专科医生的治疗了，目前主要有口腔矫治器治疗、持续正压通气治疗（呼吸机治疗）和外科手术等三类。
对于轻度患者，可以采用手术或口腔矫治器治疗。
手术治疗适用于明确的咽部结构阻塞气道而引起的打鼾，如悬雍垂—软腭—咽成形术通过去除悬雍垂和部分软腭和扁桃体，可以止鼾，但对治疗睡眠呼吸暂停疗效不确切。
口腔矫治器需要患者夜晚带在口中，可防止打鼾并治疗轻度的睡眠呼吸暂停，也可以作为持续正压通气治疗后的辅助治疗。
持续正压通气对于治疗中重度阻塞性睡眠呼吸暂停综合征很有效，可在家中长期进行。这需要一个小型的空气压缩机装置，它通过一根软管与鼻面罩相连。患者入睡前，将面罩戴好并将机器打开，后者能送出一个柔和而稳定的正压气流，通过鼻腔进入咽部，气流的压力使咽部软组织不会塌陷，从而保持气道通畅。一般情况下，气流大小用厘米水柱来表示，其标准是经过睡眠呼吸监测后由医生决定的。
另外，如果打鼾是由于某些地方“长”得不对，可以用相关的手术方法解决。例如去除鼻息肉或矫正偏曲的鼻中隔，手术去除肿大的扁桃体和肿大的腺样体，做下颚手术使下颚及舌前突，以扩大气道，都可以使睡眠呼吸畅通。如果睡眠呼吸暂停非常严重，甚至危及生命，或其他治疗无效，则需要施行气管切开术。
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