肿瘤标志物：
EB病毒血清学检测：常用的EB病毒壳抗原抗体A（IgA/VCA）检测是常规的筛选项目；EB病毒的IgA/EA比IgA/VCA抗体对鼻咽癌的诊断更具有特异性；EB病毒特异性DNA酶的单抗（EDAb）可以实现早期检测鼻咽癌。IgA/EA、IgA/VCA及EDAb三项中任何一个或两个指标阳性，或其中一个持续升高均视为高危人群，应及早行鼻咽光纤镜检查，并取活检。唾液中EB病毒抗体检测常用作临床鼻咽癌诊断的指标之一，血清中IL-4升高、IL-12和IFNγ水平下降与肿瘤患者细胞免疫状态有关，有助于鼻咽癌早期诊断。
近年来，血清唾液酸(SA)检测方法快速简便，敏感性高用于NPC早期检测及临床常规检查。新发展的检测项目还有潜伏蛋白（LMP-1）、EB编码的胸苷激酶测定、端粒酶检测，以及分子生物学技术检测患者血清中EB病毒DNA拷贝数，等等，确定EB病毒的感染情况和病毒活动情况，判断病情，协助诊断。
鼻咽镜与病理检查：
鼻咽镜包括间接鼻咽镜和纤维鼻咽镜可见到鼻咽顶后壁、侧壁、后鼻孔、鼻腔后部、咽鼓管及软腭背面的情况。可疑者取活体组织做病理检查，病理检查可以确立诊断。
影像学诊断：
1.常规X线检查：
包括鼻咽部正侧位片、颅底片、鼻咽钡胶浆造影以及胸部平片，对鼻咽癌的诊断和了解颅底骨质的破坏有一定的帮助。但这些技术有一定的局限性，不能反映出肿瘤咽旁侵润蔓延的情况和规律。
2.骨扫描诊断：
即放射性核素骨显像诊断，是一种灵敏度较高的诊断方法。骨转移阳性符合率比X线摄片高出30%左右。
3.CT检查：
可以查出粘膜下组织的早期病变，可以清楚地显示肿瘤向鼻咽腔外邻近组织的侵犯范围，可以了解鼻咽腔内肿瘤的部位，管腔是否变形或不对称，咽隐窝是否变浅或闭塞。此外还可以显示鼻咽腔外侵犯，如鼻腔、口咽、咽旁间隙、颞下窝、颈动脉鞘区、翼腭窝、上额窦、筛窦、眼眶、颅内海绵窦及咽后、颈部淋巴结有无转移。并能清楚地显示颅底骨质的破坏情况，是目前进行临床分期和放射治疗计划设计的必要手段。
4.B超检查：
主要用于肝脏、颈、腹膜后和盆腔淋巴结的检查，了解有无肝转移和淋巴结密度等。
5.核磁共振（MRI）：
可清楚显示头颅各层次，脑沟、脑回、灰质、白质和脑室、脑脊液管道、血管等，用SE法显示T1、T2延长高强度图像，可以诊断鼻咽癌、上颔窦癌等，可以更清楚地了解软组织、神经通道以及脑脊髓的病变，使肿瘤分期更准确。
中医诊断
本病属于中医上石疽、控脑砂、失荣等范畴。
病理分期：
根据复旦大学附属上海肿瘤医院院长蒋国梁主编的《现代临床肿瘤学》（2004.7版）中划分如下：
1、国内福州分期（1992）：
T—原发肿瘤；
T1—局限于鼻腔内；
T2—局部浸润，鼻腔、口咽、茎突前间隙、软腭、椎前软组织、颈动脉鞘区部分侵犯；
T3—颈动脉鞘区肿瘤占据，颅底、翼突区、翼腭室、单一前组或后组脑神经侵犯；
T4—前后组脑神经同时受侵，鼻旁窦、眼眶、颈下窝、海绵窦，直接浸润第一、二颈椎。
N—颈淋巴结；
N0—未扪及肿大淋巴结；
N1—上颈淋巴结直径<4cm，活动；
N2—下颈淋巴结，或直径4~7cm；
N3—锁骨上区淋巴结，或直径>7cm；
M—远处转移；
M0—无远处转移；
M1—有远处转移；
分期：
Ⅰ期——T1N0M0；
Ⅱ期——T2N0M0、T0~T2N1M0；
Ⅲ期——T3N0~N2M0、T0~T3N2M0；
Ⅳa期——T4N0~N3M0、T0~T4N3M0；
Ⅳb期——任何T、任何N、任何M。
2、国际抗癌联盟（UICC，1997年）TNM分期
Tis——原位癌。
T1——肿瘤局限于鼻咽腔内。
T2——肿瘤侵犯鼻腔或口咽。
T2a——无咽旁间隙侵犯。
T2b——有咽旁间隙侵犯。
T3——肿瘤侵犯颅底骨质和（或）鼻窦。
T4——肿瘤侵犯颅内、脑神经、下咽、下窝、眼眶。
N0——无颈淋巴结转移。
N1——单侧颈淋巴结转移，或直径≤6cm，位于锁骨上窝以上部位。
N2——双侧颈淋巴结转移，或直径≤6cm，位于锁骨上窝以上部位。
N3——颈淋巴结转移，（a）直径>6cm，（b）锁骨上窝转移。
Mx——远处转移不能评价。
M0——无远处转移。
M1——有远处转移。
分期：
Ⅰ期——T1N0M0；
Ⅱa期——T2aN0M0；
Ⅱb期——T1N0M0、T2aN0M0、T2bN0~N1M0；
Ⅲ期——T1N2M0、T2a~2bN2M0、T3N0~N2M0；
Ⅳa期——T4N0~N2M0；
Ⅳb期——任何TN3M0；
Ⅳc期——任何T、任何N、M1。
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