扁桃体炎有急性和慢性之分，因此治疗上也稍有不同。
急性扁桃体炎表现为发热、咽痛、颌下淋巴结肿大、血象升高。可用抗菌消炎药治疗，如静脉点滴抗菌素，服用退烧药。值得注意的是，局部治疗十分关键，因为发热是由扁桃体发炎化脓导致，所以在全身用药的同时，要配合局部雾化吸入，一般数小时即可退热，可以缩短疗程，提高疗效，减轻痛苦，预防并发症。
而临床上最常见的还是慢性扁桃体炎，其发生是由于在急性期仅用抗菌素等消炎，但扁桃体陷窝内的细菌未能清除，潜伏下来，一旦身体抵抗力降低则卷土重来，再次发作，日久就形成慢性病灶。
对慢性扁桃体炎的治疗，目前对于未出现并发症者，最好做等离子治疗。慢性扁桃体炎反复发作者，可实施扁桃体切除术，但扁桃体有一定免疫功能，尤其是对于3-5岁的小儿更为重要，因此行慢性扁桃体手术应严格掌握适应症。
