以前由于对扁桃体的功能不够了解，被视为如阑尾一样，是人体中没有作用的器官，因而有些医生主张普遍把小孩的扁桃体割掉。近年来的研究表明，扁桃体内有淋巴组织、浆细胞和参与细胞免疫的T细胞、B细胞；能产生各种免疫球蛋白和特殊抗体；还能分泌干扰素，抑制细菌生长。因此，它是人体的防御器官，参与人体免疫功能网络，其免疫力在3～5岁的儿童身上表现最为活跃。因此对5岁以下儿童，切除扁桃体要慎重。
从免疫理论看，扁桃体确实很有用。但是从治疗角度看，若扁桃体有严重感染，反复发炎，影响咽鼓管功能，使听力受影响；或引起反复发作的关节炎、风湿病、哮喘等疾病。这时，扁桃体对身体健康不但无益，还给人体带来更多痛苦，那就应该施行扁桃体切除术。一般而言，儿童时期的扁桃体多呈生理性肥大，是正常现象，当这种生理性肥大影响到呼吸、吞咽和发音时，则应将扁桃体手术切除。
下列几种情况之一者，也应施行扁桃体切除手术。一是反复发烧、咽痛，同时扁桃体出现脓点。每年发作3～4次以上，并连续发作2～3年的患者。二是患急性扁桃体炎时，出现了张嘴困难，在扁桃体周围形成脓肿的患者，即使只出现过1次也要手术。三是对引起风湿性心脏病、关节炎及肾小球肾炎的慢性扁桃体炎患者。尽管如此，近年来医学界对扁桃体的割除手术越来越持慎重态度，特别对年幼儿童更为谨慎。
此外，对扁桃体切除也不要有太多顾虑，因为目前还没有发现扁桃体切除后对成人或儿童产生什么明显的不良后果。
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